《我是你爸爸》围绕马林生和儿子马锐展开。马林生是个普通男人，离婚后独自抚养儿子。他一心想树立父亲权威，用自己的方式教育马锐。马锐正值青春期，有了独立思想，对父亲的管教开始叛逆。父子俩在生活中摩擦不断，比如马锐和女同学交往，马林生紧张不已，试图干涉，引发了激烈争吵。但在一次次冲突后，马林生逐渐意识到自己教育方式的问题，开始尝试理解儿子。马锐也在经历中感受到父亲的爱。最终，父子关系在相互理解中得到和解，共同成长。