《蔚蓝档案 动画版》的故事发生在学园都市，这里的学校各自拥有独特的文化和背景。主角是教师“老师”，他负责管理海拉鲁学院特殊战术班“阿拜多斯”。阿拜多斯学园面临着被废校的危机，学生们为了拯救学园，在“老师”的带领下开启了一系列行动。 学生们性格各异，活泼开朗的神乐，总是充满干劲；文静内向的伊织，有着强大的实力。她们一边要应对学园生活中的各种琐事，一边还要执行各种危险的任务。在执行任务过程中，她们遭遇了各种敌人，有其他学园的不良势力，也有神秘组织的阴谋。但凭借着团队的默契和各自的能力，一次次化险为夷。随着故事的发展，她们逐渐揭开了学园都市背后隐藏的巨大秘密。