《酷伊忍者传》围绕主角酷伊展开。酷伊是个怀揣着成为伟大忍者梦想的少年，他生活在忍者村，这里高手云集，竞争激烈。酷伊虽然一开始实力并不出众，但他凭借着顽强的毅力和乐观的性格，不断努力训练。在修行过程中，他结识了性格各异的伙伴，有冷静理智的希罗，还有热情冲动的阿凯。他们一起经历了无数的冒险，面对邪恶组织的阴谋诡计。邪恶组织妄图利用强大的忍术武器征服世界，酷伊和伙伴们挺身而出，一次次化解危机。在战斗中，酷伊逐渐成长，学会了更强大的忍术，也明白了友情和团队的重要性，最终成功阻止了邪恶组织的阴谋，守护了忍者村的和平。