《齐木楠雄的灾难 始动篇》围绕超能力者齐木楠雄展开。齐木天生拥有念力、透视、心灵感应等众多超能力，这让他的生活变得麻烦不断。他只想低调平静地过日子，却总是事与愿违。在学校里，他遇到了各种奇葩同学，像中二病患者燃堂力，总是做出一些令人啼笑皆非的举动，还把齐木卷入各种荒诞事件中。还有爱慕虚荣的海藤瞬，一心想成为不良少年，却总是以失败告终。齐木虽然拥有强大能力，但面对这些同学的无厘头行为，也常常感到无奈。他不断运用超能力解决各种突发状况，同时又要隐藏自己的能力不被发现，在这过程中发生了一系列搞笑又温馨的故事。