《黑凤凰》故事发生在 20 世纪 80 年代，X 战警在太空中执行救援任务时，琴·格雷为保护队友被神秘宇宙能量击中，这股强大能量让她体内的凤凰之力觉醒且失控。回到地球后，琴的力量愈发难以掌控，情绪也变得极不稳定，时而温柔善良，时而暴躁易怒。 X 战警内部因此产生分歧，万磁王想利用琴的力量达成自己的目标，而X教授则希望帮助琴控制力量。与此同时，一股神秘势力也在暗中觊觎琴的能力。琴在各方压力下逐渐迷失自我，化身为黑凤凰，开始肆意释放强大力量，给世界带来巨大威胁。最终，X 战警必须团结起来，与琴展开一场艰难的对决，拯救世界的同时也拯救琴的灵魂。