《漆黑的子弹》故事设定在人类与原肠动物激烈对抗的世界。主角里见莲太郎是一名“民警”，与搭档蓝原延珠一同战斗。原肠动物的肆虐让人类失去了大片领土，只能龟缩在东京地区等少数安全区域。莲太郎曾因过去的经历而内心痛苦，但在与延珠的相处中逐渐打开心扉。 在执行任务过程中，他们遭遇各种危险的原肠动物，也结识了许多伙伴，如缇娜·斯普朗特等。同时，他们还面临着来自政府内部的阴谋与威胁。随着剧情推进，莲太郎等人发现了原肠动物背后更深层次的秘密，以及政府为了自身利益而进行的黑暗计划。他们在不断战斗与探索真相的过程中，逐渐成长，为了守护人类的未来而不懈努力。