故事发生在《星球大战》系列时间线的较早阶段。银河共和国面临分裂危机，贸易联盟在神秘势力的操纵下蠢蠢欲动。绝地武士欧比旺·克诺比和他的徒弟阿纳金·天行者接受任务，保护参议员帕德梅·阿米达拉。欧比旺追查刺杀帕德梅的幕后黑手，发现了一个克隆人军队的秘密基地，原来这是为共和国准备的军事力量。阿纳金在保护帕德梅的过程中，两人旧情复燃，陷入了禁忌之恋。同时，阿纳金开始受到黑暗面的诱惑，内心的挣扎愈发强烈。随着局势的发展，克隆人军队被投入战场，银河共和国与分离主义联盟之间的克隆人战争正式爆发。这场战争不仅改变了银河系的格局，也将阿纳金一步步推向黑暗的深渊。