《顺天府奇案之国子监案》围绕着国子监发生的离奇案件展开。顺天府尹接到报案，国子监内接连出现诡异之事，学生们人心惶惶。府尹派遣得力捕快展开调查，他们在国子监中发现诸多线索，却又迷雾重重。随着调查深入，牵扯出了朝廷官员之间的权力斗争。原来，有人妄图通过国子监的混乱局面谋取私利，破坏朝廷的人才培养体系。捕快们不畏强权，在重重困难中抽丝剥茧，与幕后黑手斗智斗勇。最终，真相大白，幕后主谋受到应有的惩罚，国子监恢复了往日的平静，朝廷的人才培养得以正常进行。