《使徒行者2：谍影行动》延续了前作风格，讲述了童年兄弟情的程滔和井进贤长大后走上不同道路的故事。程滔是刑事情报科高级督察，井进贤则是犯罪集团成员。二人在一次针对恐怖分子贩卖核弹原料的行动中重逢。程滔在调查中发现井进贤身处犯罪集团却似另有隐情，原来井进贤是警方安插的卧底。他们一边要应对犯罪集团的怀疑和追杀，一边要阻止核弹原料流入恐怖分子手中。在这个过程中，他们凭借默契和智慧化解重重危机，最终成功摧毁犯罪阴谋，守护了城市的安全，也重拾了儿时的兄弟情谊。