《超能少年第三季》延续前作风格，故事依旧围绕一群社区服务少年展开。在这一季中，新加入的成员凯莉拥有能让他人爱上自己的超能力，这使她陷入了复杂的情感纠葛。同时，西蒙复活后性格大变，他的超能力也有了新变化，开始利用能力为自己谋取私利。而劳伦则努力控制自己能操控时间的能力，避免引发更大的混乱。他们在拥有超能力的同时，也面临着各种危险和挑战。有神秘组织盯上了他们的超能力，试图将他们一网打尽。少年们一边要应对组织的威胁，一边还要处理超能力带来的副作用和生活中的难题，在一次次的危机中不断成长和蜕变。