《萌学园之时空战役》延续了萌学园系列的奇幻风格。故事中，萌学园遭遇新危机，时空裂缝开启，暗黑势力借此蠢蠢欲动。帕主任带领着萌骑士们守护学园，其中艾格妮丝拥有特殊能力，却在面对危机时陷入自我怀疑。谜亚星凭借聪明才智，不断破解暗黑势力的阴谋诡计。乌克娜娜回归学园，她与艾瑞克之间的情感也有了新发展。在一次次战斗中，萌骑士们逐渐成长，他们克服重重困难，与暗黑大帝派出的爪牙展开激烈对决。最终，萌骑士们凭借团结和勇气，成功关闭时空裂缝，守护了萌学园的和平与安宁。