《星际之门：宇宙第二季》延续了第一季的精彩，一群来自地球的军人和科学家被困在远古飞船“命运号”上，继续在宇宙中展开未知的探索。主角埃利斯博士等人为了生存和回家不断努力。在这一季中，他们遭遇了更多强大且神秘的外星种族。比如，他们遇到了科技远超地球的种族，对方对“命运号”虎视眈眈，双方多次爆发激烈冲突。同时，飞船上的资源愈发紧张，内部也产生了分歧，有人主张冒险寻找新资源，有人则想保守维持现状。在一次探索新星球的任务中，队员们发现了能修复“命运号”关键系统的技术，但获取过程充满危险，他们要面对星球上的恶劣环境和未知生物。随着剧情推进，他们也逐渐揭开了“命运号”背后更深层次的秘密。