《阿凡达：水之道》的故事承接前作，杰克·萨利已经与妮特丽组建了家庭，他们育有子女，原本想在潘多拉星球的丛林中安稳生活。然而，人类卷土重来，曾经被杰克击败的夸里奇上校以克隆人的形式重生，他一心要找杰克复仇。为了保护家人，杰克一家被迫离开熟悉的家园，前往海洋部落寻求庇护。在海洋部落，他们面临着新的挑战，杰克的孩子们要努力适应全新的海洋环境和部落文化，学习水下生存技能、与海洋生物交流等。同时，夸里奇上校也追踪而至，一场围绕海洋部落的激烈冲突就此展开，杰克一家必须团结起来，与海洋部落一同对抗人类的入侵，守护潘多拉星球的海洋世界。