《萌学院3之魔法号令》延续前作风格，围绕萌学园里的魔法故事展开。乌克娜娜因极光辐能消失而回到夸克族，却意外发现自己的魔法消失。艾瑞克为了寻找她，也离开了萌学园。此时，萌学园迎来新危机，阴森女公爵派暗黑使者袭击萌学园，试图抢夺能开启地心之门的十之星。 在萌学园里，谜亚星、帝蒂娜、焰王等同学团结一心，共同对抗暗黑势力。谜亚星凭借聪明才智解开一个个谜团，寻找十之星的下落。帝蒂娜努力提升自己的魔法能力，在关键时刻发挥重要作用。焰王则以强大的火焰魔法守护着大家。他们在一次次战斗中成长，也经历了友情与爱情的考验。最终，萌学园众人成功阻止了暗黑势力的阴谋，守护了校园的和平与安宁。