《我的天才女友》第三季故事延续前作，埃莱娜和莉拉这对挚友在不同人生轨迹上继续前行。埃莱娜出版了自己的第一本书，事业初露曙光，但在感情上却陷入迷茫，她与彼得罗的婚姻出现裂痕。莉拉虽未接受高等教育，却凭借聪明才智在那不勒斯的生意场上崭露头角，她和恩佐一起开办了计算机公司。然而，外界的偏见与内部的矛盾不断冲击着他们的事业。在这个过程中，埃莱娜和莉拉之间的友谊也面临着新的考验，她们相互嫉妒又彼此欣赏。同时，那不勒斯的社会环境也在发生着巨大变化，阶级矛盾、性别歧视等问题愈发凸显，两人在时代的浪潮中努力寻找着自我与生活的意义。