《怪物少女妮莫娜》围绕骑士巴伦·布莱斯和怪物少女妮莫娜展开。巴伦是王国里备受赞誉的骑士，一直坚守着正义与荣誉，努力维护王国的和平。然而，一桩神秘的谋杀案打破了平静，巴伦被诬陷为凶手。就在他孤立无援时，妮莫娜出现了。妮莫娜性格古灵精怪，拥有随意变形的超能力，她主动提出帮助巴伦洗刷冤屈。 在调查真相的过程中，他们遭遇了来自王国各方的阻挠。妮莫娜凭借变形能力一次次化险为夷，巴伦也逐渐放下对怪物的偏见，与妮莫娜建立起深厚的友谊。随着调查深入，他们发现这起案件背后隐藏着王国高层不可告人的秘密，一个巨大的阴谋浮出水面。巴伦和妮莫娜能否揭开真相，还巴伦清白，成为了故事的最大悬念。