《妖怪研究所之末代妖精》围绕着妖怪研究所展开故事。研究所里有着一群特殊的存在——妖精们，然而它们正面临着末代的危机。故事主角是一位年轻且充满正义感的研究员，他偶然间发现了妖精数量急剧减少背后隐藏的巨大阴谋。为了拯救末代妖精，他踏上了探寻真相的艰难旅程。在这个过程中，他结识了性格各异的伙伴，有古灵精怪的小妖精，还有神秘强大的妖怪护法。他们一起穿越危险的妖怪森林，破解古老的谜题，与邪恶势力展开了一场惊心动魄的较量，最终能否成功拯救末代妖精，解开背后的阴谋，一切都充满了悬念。