《玛丽·塞利斯特的秘密》聚焦于航海史上著名的神秘事件。玛丽·塞利斯特号是一艘双桅帆船，1872 年 12 月 4 日，它被另一艘船德·格瑞亚号发现时，船上空无一人。船上货物完好，救生艇却不见了，餐桌上还摆着未吃完的早餐，一切都显得十分诡异。影片围绕这一神秘事件展开调查，试图揭开背后的真相。调查过程中，出现了多种猜测，有人认为是遭遇了海盗，有人觉得是船员集体发疯，也有人怀疑是船长的决策失误。随着调查深入，一个个线索浮出水面，逐步逼近事件的核心，带领观众一同探寻玛丽·塞利斯特号上船员消失的真正原因。