小女孩玛丽原本生活在印度，一场霍乱夺去了她父母的生命，她被送往英国约克郡的米瑟斯韦特庄园，和古怪孤僻的姑父阿奇博尔德·克雷文一起生活。这座庄园里有上百间被锁闭的房间，还有一座十年未被人进入过的秘密花园。玛丽偶然间找到了秘密花园的钥匙，在知更鸟的指引下进入了花园。她还结识了善良的花匠迪肯，在迪肯的帮助下，花园渐渐恢复生机。与此同时，玛丽发现了姑父那长期卧病在床、认为自己活不长的儿子柯林。玛丽和迪肯带着柯林进入秘密花园，在花园的活力感染下，柯林不仅身体逐渐康复，性格也变得开朗自信。最终，姑父回到庄园，看到焕然一新的花园和健康的儿子，一家人重新找回了生活的希望。