《叛舰忠魂》以海军舰艇上的故事展开。故事围绕着凯恩号驱逐舰上的紧张局势。舰长魁格是个性格古怪、神经质且刚愎自用的人，他的种种不合理决策和过度猜疑让舰上的军官们苦不堪言。副舰长玛瑞克对魁格的领导能力产生怀疑。在一次危险的台风天气中，魁格的错误指挥使舰艇面临巨大危机，玛瑞克果断采取行动，解除了魁格的指挥权，这一行为被视为“叛变”。之后，玛瑞克面临军事法庭的审判，辩护律师格林渥挺身而出为他辩护，在法庭上，双方展开激烈交锋，逐渐揭开了魁格性格缺陷以及舰上复杂矛盾的真相。