《忍者神龟》围绕四只基因突变的乌龟展开，它们分别是领袖里奥纳多、暴躁冲动的拉斐尔、头脑灵活的米开朗基罗和温柔理智的多纳泰罗。这四只神龟居住在纽约市的下水道中，由一只同样因突变获得智慧的老鼠斯普林特大师训练成忍者。在城市中，他们遭遇了邪恶反派施莱德和他的脚帮组织，双方展开了多次激烈战斗。神龟们凭借着高强的武艺和团队协作，一次次挫败施莱德的阴谋。同时，神龟们结识了记者艾普尔·奥尼尔和她的摄像师朋友，在他们的帮助下，神龟们更好地了解人类社会，也在守护城市的过程中不断成长，他们的故事充满了热血战斗、幽默趣事以及对正义的不懈追求。