《兹山鱼谱》以朝鲜实学派学者丁若铨的经历为蓝本。丁若铨因卷入政治斗争被流放到黑山岛，在此期间，他结识了渔夫昌大。起初，丁若铨对目不识丁的昌大并不在意，但昌大对海洋和鱼类的丰富知识逐渐让丁若铨刮目相看。两人开始合作，昌大凭借经验识别各种鱼类，丁若铨则负责记录和整理。在相处过程中，他们跨越了身份的鸿沟，建立起深厚的友谊。同时，丁若铨也在这艰苦的流放生活中，通过编写《兹山鱼谱》找到了人生的新意义，完成了从政治斗争失意者到专注学术研究者的转变。