《最后的99天》以1949年解放前夕为背景，围绕中共地下党员肖鹏展开。肖鹏打入国民党内部多年，此时接到上级命令，要在99天内获取国民党苦心研制的一份绝密计划“黑桃A”。他面临着巨大的挑战，不仅要应对国民党特务的严密监视，还要在复杂的人际关系中周旋。国民党女特工蒋梦婕对肖鹏产生怀疑，不断设局试探他。同时，肖鹏的恋人梅湘南也陷入危险之中。在这紧张的99天里，肖鹏凭借着智慧和勇气，一次次化险为夷，与敌人斗智斗勇。最终，他成功获取“黑桃A”，为解放事业做出了重要贡献。