《战后之战》以二战后审判日本战犯为背景，讲述了一系列惊心动魄的故事。国民党军官马昀飞曾是戴笠的得意门生，被派往日本远东国际军事法庭，负责保护关键证人、中国妓女肖红。肖红掌握着日军“慰安妇”制度的重要证据，对审判战犯至关重要。然而，日本战犯和间谍势力为了掩盖罪行，不择手段地想要杀害肖红。马昀飞在保护肖红的过程中，遭遇了重重困难和危险，不仅要应对日本间谍的暗杀，还要处理与国民党内部腐败势力的矛盾。同时，他与日本反战女记者秋山和子产生了情感纠葛。在复杂的局势下，马昀飞凭借着智慧和勇气，一次次化解危机，最终成功让肖红出庭作证，将战犯绳之以法。