《希德尼娅的骑士》故事设定在遥远的未来，人类与神秘外星生物奇居子持续战斗，幸存者们居住在巨大宇宙船希德尼娅号上。主角谷风长道本是普通少年，因一场意外被植入神秘器官，成为能驾驶人型兵器卫人对抗奇居子的驾驶员。在战斗中，长道结识了同是驾驶员的好友，如筱原绮罗、芹园铃等，他们并肩作战，共同成长。长道还与伊扎那美产生了特殊羁绊。随着剧情推进，希德尼娅号遭遇各种危机，奇居子不断进化，新的敌人也逐渐浮现。长道和伙伴们一次次在绝境中战斗，守护着希德尼娅号和人类最后的希望，他们的命运也在这场残酷的宇宙战争中交织、改变。