《X档案第一季》围绕联邦调查局探员福克斯·穆德和达娜·斯嘉丽展开。穆德因妹妹被外星人绑架，从此痴迷于超自然现象研究，他负责调查被官方认为是无稽之谈的“X档案”。斯嘉丽作为医学博士，受局里指派监视穆德，起初她秉持科学理性态度，对穆德的观点多有质疑。 在调查过程中，他们遭遇各种离奇案件。比如在《冰》一集中，他们前往阿拉斯加调查一种外星寄生虫引发的恐怖事件，人们被寄生虫控制后变得疯狂且具有攻击性。还有《泽西恶魔》，他们追踪传说中的神秘生物。随着案件推进，斯嘉丽逐渐被穆德的执着感染，开始相信超自然现象的存在，两人在合作中建立起深厚的信任与默契，共同揭开一个个神秘事件背后的真相。