《X档案第十季》回归，主角仍是福克斯·穆德和达娜·斯嘉丽。穆德曾因对超自然现象的执着调查，被外界视为异类，但他始终坚信外星生命和神秘事件的存在。斯嘉丽医生则理性务实，起初对穆德的观点存疑，在长期合作中逐渐理解并支持他。 本季开篇，穆德收到神秘信息，牵扯出一系列离奇命案，死者身上都有奇怪符号，疑似与外星实验有关。穆德和斯嘉丽重操旧业展开调查，过程中遭遇政府阻挠，神秘组织试图掩盖真相。他们还发现一些人拥有特殊能力，像是心灵感应和瞬间移动，这些能力似乎与外星基因有关。 随着调查深入，穆德和斯嘉丽发现背后有庞大阴谋，涉及政府高层和外星势力勾结。最终，他们在危险中揭露部分真相，却也意识到更大危机还在后面。