《武装炼金》的故事围绕着高中生武藤和树展开。和树的兄长武藤恭介在研究中神秘死亡，这让和树陷入痛苦。然而，恭介的好友美坂香澄带来了惊人消息，原来恭介并未真正死去，而是变成了半人半机械的“武装炼金战士”。和树为了拯救兄长，在香澄的帮助下也成为了武装炼金战士。 在这个世界里，存在着名为“人造人”的邪恶生物，它们以人类灵魂为食。和树与伙伴们组成了对抗人造人的队伍，在战斗中不断成长。他们不仅要面对强大的人造人，还要应对来自其他武装炼金战士的挑战。和树在一次次战斗中逐渐掌握了自己的能力，也明白了作为武装炼金战士的责任。随着故事推进，和树等人逐渐揭开了背后隐藏的巨大阴谋，他们能否成功拯救兄长并阻止阴谋的发生，成为故事的一大悬念。