《完美小姐进化论》围绕四位帅气男生与一位怪癖少女展开。须奈子是个极度痴迷恐怖电影、崇尚哥特风，生活邋遢且惧怕阳光的女孩。她的监护人高野恭平为她提供免费豪华公寓居住，但条件是要把她改造成淑女。恭平还拉来好友织田武长、森井兰丸、远山雪之丞一起监督须奈子。起初，须奈子的怪异行为让四人头疼不已。然而在相处过程中，他们逐渐发现须奈子内心的善良和闪光点。在一次次的事件里，须奈子也慢慢发生改变，开始尝试融入正常生活。四人与须奈子之间的关系也从监督改造者与被改造者，变成了相互理解、相互支持的朋友，期间发生了许多搞笑又温馨的故事。