《天体的秩序》围绕着少女水穗展开。水穗原本生活在城市，因母亲工作变动回到乡下小镇，借住在青梅竹马明日香家中。在这里，她结识了明日香的朋友们，大家组成了天文部。天文部的成员们怀揣着对星空的热爱，一起观测天体、探索宇宙的奥秘。他们在屋顶架起望远镜，等待流星雨的降临，在这个过程中分享着彼此的梦想与烦恼。然而，水穗心中有着一个秘密，她曾在小时候经历过一段奇妙的飞行体验，这段记忆一直困扰着她。随着故事的发展，天文部的成员们逐渐解开了水穗心中的谜团，也更加坚定了对天文的热爱和对生活的信念，他们在星空下共同成长，留下了一段美好的回忆。