《深宫谍影2012》围绕着一系列宫廷谜案展开。女主角涵香是一位性格直爽、聪明伶俐的民间女子，她为了寻找自己的身世来到了皇宫。在宫中，她结识了太子胤礽之子格泰，两人渐生情愫。然而，宫中并不太平，一系列离奇命案接连发生，矛头纷纷指向涵香。原来，涵香的身世与当年康熙帝的一桩秘事有关，她的母亲以丹格格曾是皇帝宠妃。皇后为了维护宫廷的秘密和自己的地位，对涵香等人展开了一系列的陷害与打压。格泰始终坚定地站在涵香身边，与她一起调查真相。在这个过程中，他们逐渐揭开了隐藏在宫廷深处的重重阴谋，也让一段尘封多年的往事浮出水面。