《少女编号》以偶像企划为背景展开故事。故事中，动画制作公司“东条艺能”为了挽救濒临倒闭的局面，决定启动一个名为“少女编号”的偶像动画企划。一群怀揣着不同梦想和目的的少女们聚集到了这里。 其中有一心想成为偶像的天真少女神乐坂诗织，还有性格傲娇但实力出众的九条紫音等。在企划进行过程中，少女们不仅要面对严苛的训练，还要应对各种突发状况。制作团队也面临着资金短缺、创意瓶颈等问题。 随着剧情推进，少女们在挫折中不断成长，她们之间的友情也愈发深厚。同时，动画也通过这个企划，展现了偶像行业背后的艰辛与无奈，以及人们为了梦想所付出的努力。