《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》延续前作风格，故事围绕着主人公展开。主人公进入圣应女学院后，在这个女子学院的独特环境中经历着各种趣事与挑战。学院里有着性格各异的少女们，她们之间的友情、小摩擦不断上演。在新的故事里，主人公又遇到了新的人物，与她们产生了新的羁绊。随着剧情推进，主人公面临着新的抉择，是继续维持在学院里的身份，还是勇敢面对自己的真实情感。在这个充满青春气息的校园里，爱情、友情相互交织，共同谱写出一段温馨又浪漫的校园故事，展现了少女们在成长过程中的迷茫与坚定。