《潘朵拉之心》故事围绕奥兹·贝萨流士展开。15岁生日那天，奥兹作为贝萨流士家的下一任当家，在仪式上被带到了传说中的黑暗监狱“阿嵬茨”。他莫名其妙被宣判为有罪并投入阿嵬茨，在那里他遇到了神秘少女艾莉丝，两人缔结契约，奥兹借助艾莉丝的力量逃出阿嵬茨。回到现实世界后，奥兹发现自己身处10年后的世界，家族衰败，好友也已长大。为了寻找自己被定罪的真相以及回到原本的时间，奥兹和艾莉丝踏上了旅程。旅途中，他们结识了基尔巴特等伙伴，一同面对来自“潘朵拉”组织、“巴斯卡比鲁子民”等各方势力的挑战，在不断揭开谜团的过程中，一个关于世界起源和灾难的惊人秘密也逐渐浮出水面。