《妮基塔第一季》围绕着妮基塔展开。妮基塔曾是问题少女，因犯下重罪被判处死刑，却被一个名为“组织”的神秘机构救下并训练成顶级特工。“组织”表面是维护世界和平的正义力量，实则进行着各种见不得光的暗杀、窃取情报等活动。妮基塔在执行任务过程中逐渐认清“组织”的真面目，决定背叛它。她一边躲避“组织”的追杀，一边揭露“组织”的阴谋。在这个过程中，她与同为特工的迈克尔产生复杂纠葛，迈克尔虽效忠于“组织”，但内心也对“组织”的做法有所怀疑。同时，菜鸟特工亚历克斯被“组织”招募，她在不知情中被卷入各种危险任务，妮基塔试图引导她看清真相，两人的命运也因此交织在一起，共同对抗“组织”。