《男子游泳部第二季》延续第一季的青春热血风格，聚焦岩鸢高校游泳部成员们的成长与挑战。七濑遥、橘真琴、叶月渚和松冈凛等队员，在新的学期面临着更多赛事。他们不仅要应对来自其他学校强劲对手的挑战，还要处理团队内部的矛盾与磨合。在一次重要的接力赛中，队伍因配合失误而失利，这让大家陷入自我怀疑。但在教练和彼此的鼓励下，他们重新振作，加强训练。同时，成员们在生活中也有着各自的烦恼与成长，遥在面对未来的选择上犹豫不决，凛则不断突破自我极限。最终，他们凭借团结和努力，在大赛中取得优异成绩，实现了自我超越。