《乃木坂春香的秘密》围绕着普通学生绫濑裕人和校园偶像乃木坂春香展开。裕人在偶然间发现了春香不为人知的一面——她竟是个热爱阅读恋爱小说的宅女。这一秘密让两人的关系发生了微妙变化，裕人成为知晓春香秘密的唯一之人。此后，他们在校园生活中不断互动，春香在裕人面前逐渐展现出真实的自我，不再只是众人眼中完美无瑕的偶像。随着相处，两人之间萌生出别样的情愫。然而，校园里的各种事件和他人的介入，给他们的感情发展带来了诸多波折，他们能否跨越重重困难，让这份特殊的感情开花结果，成为故事的一大看点。