《命运航班第二季》延续前作剧情，蒙特哥贝号客机在失踪五年后突然重新出现在纽约上空，机上乘客归来后发现世界大变，且他们身上出现了能预见未来的“召唤”现象。本·斯通继续带领乘客们探索“召唤”的秘密，他和米凯拉努力解开谜团，同时还要应对外界对他们的调查与怀疑。在这一季中，乘客们面临着更多挑战，有人因“召唤”陷入危险，也有人利用“召唤”谋取私利。此外，乘客们的个人生活也遭遇重重波折，感情、家庭问题不断涌现。随着剧情推进，他们逐渐发现“召唤”背后似乎隐藏着更大的阴谋，而他们的命运也与这个阴谋紧密相连。