《梅花档案》围绕神秘的梅花党展开。七十年代初，公安局档案科科员龙飞在整理档案时发现一份特殊档案，里面的梅花党特务组织让他心生好奇。不久后，龙飞被调入专案组，负责调查一系列与梅花党有关的离奇案件。案件中，神秘的梅花标志频繁出现，死亡事件接连发生，死者死状诡异且都与梅花党有着千丝万缕的联系。龙飞在调查过程中结识了护士白蔷，两人在合作中渐生情愫。然而，白蔷的真实身份却充满谜团，她似乎与梅花党有着不可告人的关系。随着调查深入，龙飞逐渐揭开梅花党背后的巨大阴谋，也陷入了危险重重的境地，他能否在这错综复杂的案件中揪出幕后黑手，解开梅花档案的秘密，成为故事的一大悬念。