《莉可丽丝》的故事围绕着咖啡厅“Lycoris”展开，这里的服务员们其实是执行特殊任务的少女特工。主角锦木千束性格开朗乐观，总是以积极的态度面对任务和生活。她与井之上泷奈相遇后，两人成为搭档。泷奈原本是精英特工，有着严格的纪律性和高超的战斗技巧，但性格较为冷漠。 在执行任务过程中，她们遭遇了各种危险和挑战。比如要阻止恐怖组织的阴谋，与装备精良的敌人展开激烈枪战。千束的自由随性和泷奈的严谨刻板在合作中碰撞出火花，两人逐渐理解并信任彼此。同时，她们也在探寻组织背后隐藏的秘密，发现了一些不为人知的阴谋和黑暗势力。在这个过程中，她们不仅要应对外部敌人，还要处理组织内部的矛盾和危机，在友情与使命的交织中不断成长。