《境界之轮回第二季》延续奇幻校园故事，围绕高中生六道轮回展开，他是拥有死神血统的除灵师，负责引导亡灵顺利轮回。转校生真宫樱，能看见幽灵，在一次意外后与轮回结识，开始协助他处理幽灵事件。本季中，他们遇到了各种奇特幽灵，有因执念不肯离去的怨灵，还有想完成未了心愿的可爱小幽灵。轮回在工作中状况百出，常因贪吃耽误正事，而樱则凭借善良和勇敢帮助他解决难题。此外，轮回的同学阵内、佩姬等也加入到除灵行动中，他们一起经历冒险，在欢笑与泪水中成长，共同守护着阴阳两界的平衡。