《反叛的鲁路修第一季》故事发生在一个架空世界，超级大国布里塔尼亚帝国侵略日本后，将其改名为 11 区，日本民众沦为二等公民。皇子鲁路修因母亲遇害、妹妹失明失聪，被流放到日本。在一次恐怖袭击中，他获得神秘少女 C.C. 赋予的 Geass 能力，能对他人下达绝对服从的命令。鲁路修化名 Zero，组建黑色骑士团，公开反抗布里塔尼亚帝国。他凭借智慧和 Geass 能力，在一系列战斗和权谋斗争中与帝国军队周旋。期间，他与朱雀产生分歧，朱雀选择在帝国军队中以另一种方式改变世界。鲁路修在领导反抗的过程中，不断面临艰难抉择，既要对抗帝国，又要处理黑色骑士团内部的矛盾和问题。