《弹丸论破3 -The End of 希望之峰学园- 绝望篇》围绕希望之峰学园的学生展开。故事回溯到“人类史上最大最恶的绝望事件”发生之时，揭示了这群学生如何一步步陷入绝望的过程。 苗木诚的学姐雪染千纱担任班主任，带领着包括七海千秋、狛枝凪斗等在内的未来机关预备学科学生。起初，校园生活看似平静，学生们各自展现着独特的才能。然而，随着神秘组织“绝望残党”的阴谋逐渐浮出水面，学生们的内心开始动摇。 江之岛盾子的洗脑手段让许多学生内心的黑暗面被放大，他们相互猜忌、背叛。比如，西园寺日寄子、小泉真昼等人在绝望的漩涡中做出了令人痛心的选择。最终，整个希望之峰学园沦为绝望的深渊，学生们彻底堕入黑暗，为整个弹丸论破的故事奠定了悲剧的基调。