《虫奉行》的故事发生在江户时代，一种名为“虫”的异形生物出现，它们会给人类带来灾难。为了对抗“虫”，幕府设立了专门的组织“虫奉行”。主角阿银是虫奉行所的成员，他性格开朗且实力强大。在一次任务中，阿银遇到了神秘少女月岛仁兵卫，仁兵卫拥有特殊能力，能与“虫”交流。此后，两人一同执行各种危险任务。他们在与“虫”战斗的过程中，逐渐揭开了“虫”背后隐藏的巨大阴谋。随着故事发展，阿银等人不断成长，面对越来越强大的“虫”和敌人，他们凭借着勇气和智慧一次次化险为夷，守护着江户的和平。