《薄樱鬼》以日本幕末时期为背景，讲述了少女雪村千鹤的故事。千鹤的父亲是位医生，她为寻找失踪的父亲来到京都，意外加入了新选组。在那里，她结识了一群性格各异的武士，如冷峻的土方岁三、温柔的冲田总司等。新选组表面上维护京都治安，实则面临着复杂的政治斗争和各方势力的威胁。随着剧情发展，千鹤发现新选组部分成员因服用了一种神秘药物而拥有了特殊能力，但也带来了可怕的副作用。在动荡的时代中，千鹤与新选组众人一同经历了无数战斗与生死离别，她见证了武士们的忠诚、友情与爱情，也在这个过程中逐渐成长。而新选组最终也在历史的洪流中走向了不同的结局，他们的故事如薄樱般绚烂而短暂。