《宝石商人理查德的谜鉴定》围绕着大学生天然呆的小林和神秘宝石商人理查德展开。小林因家庭原因对宝石抱有复杂情感，而理查德则是一位优雅迷人、知识渊博的宝石商人。他们在东京相遇后，小林开始在理查德的宝石店打工。每一集都会围绕着一颗宝石展开一个故事，比如有委托人带来祖传的宝石，想鉴定其真伪和价值，理查德通过专业知识和独特洞察力解开谜团。在这个过程中，小林逐渐打开心扉，理解宝石所承载的情感与故事，两人也在合作中建立起深厚的友谊，共同面对各种与宝石相关的事件，在解谜的同时，也展现出人性的美好与复杂。