《玄门医圣》围绕身怀玄门医术的主角展开。主角本是玄门中潜心学医之人，因一次意外下山来到繁华都市。在都市里，他凭借着神奇的玄门医术，解决了诸多棘手的医疗难题。 他先是遇到一位身患怪病、被各大医院判了“死刑”的富豪。富豪家人四处寻医无果，抱着死马当活马医的心态找到了主角。主角运用玄门独特的针法和草药，成功治愈了富豪，从此名声大噪。 然而，他的出现也引来了同行的嫉妒和一些黑暗势力的觊觎。他们试图抢夺他的医术秘籍，甚至设计陷害他。但主角凭借着智慧和玄门功夫一次次化险为夷。在这个过程中，他还结识了一群志同道合的朋友，他们一起惩恶扬善，用医术和正义守护着这座城市。