《图书馆战争：最后的任务》故事设定在一个书籍受严格管控的世界，图书馆员们为守护民众阅读自由而战。堂岛驱是图书馆特殊部队成员，他与队友们一直坚守在保护书籍的前线。某天，他们面临着前所未有的危机，一个企图彻底摧毁图书馆、禁止一切书籍流通的强大组织浮出水面。这个组织手段狠辣，不断制造恐怖事件，给图书馆带来巨大压力。堂岛驱和队友们临危受命，执行最后的任务。在行动中，他们遭遇重重困难，不仅要与敌人激烈战斗，还要应对内部的矛盾和误解。但他们始终没有放弃，凭借着对阅读自由的坚定信念，最终成功挫败敌人阴谋，守护住了图书馆和民众阅读的权利。