《楼上的外星人》故事围绕着少年汤姆和他的朋友们展开。汤姆发现新邻居行为十分怪异，怀疑他们是外星人。为了证实自己的猜测，汤姆和伙伴们开始暗中观察这些“邻居”。他们发现外星人居住的房子里有着各种奇特的装置和神秘的现象。随着调查深入，外星人也察觉到了孩子们的举动。双方展开了一系列斗智斗勇的较量。孩子们运用自己的智慧和勇气，与外星人周旋。最终，他们成功地让外星人意识到地球人的友好，外星人也决定和平地离开地球，而汤姆和朋友们也因为这次特别的经历，变得更加勇敢和自信。