小智、皮卡丘一行人来到了机械都市阿佐特王国。这里流传着玛机雅娜的传说，据说它是由古代工匠打造的幻之宝可梦，拥有能让一切愿望成真的“魂心”。小智他们遇到了被封印着力量的波尔凯尼恩，它被阿佐特王国的国王抓住，被迫为王国制造机械宝可梦。波尔凯尼恩因为过去的遭遇而对人类充满不信任，但在与小智等人的相处中，逐渐打开心扉。 与此同时，邪恶组织企图夺走玛机雅娜的“魂心”来实现自己的野心。小智、波尔凯尼恩和玛机雅娜携手对抗邪恶势力，在激烈的战斗中，他们不断突破自我，发挥出强大的力量。最终，他们成功守护了玛机雅娜的“魂心”，也让波尔凯尼恩放下了对人类的成见，阿佐特王国恢复了往日的和平。